A. Các tổ chức giúp việc Giám đốc Sở:
- Văn phòng Sở.
- Thanh tra Sở.
- Phòng Kế hoạch - Thẩm định
- Phòng Quản lý Kết cấu hạ tầng giao thông và An toàn giao thông.
- Phòng Quản lý Vận tải, Phương tiện và Người lái.
B. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở:
- Bến xe khách tỉnh.
- Cảng vụ đường thủy nội địa.
- Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp - sát hạch lái xe Bình Dương.
- Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới.
- Đoạn Quản lý sửa chữa công trình giao thông.
- Trung tâm Quản lý và Điều hành vận tải hành khách công cộng.